Структурно-функціональна характеристика несинонімічних однонуклеотидних варіантів гена TNF людини

Навчальний заклад: Комунальний заклад «Харківський ліцей № 47 Харківської міської ради»

Автор: Хаустова Кароліна Максимівна

Відділення: Хімія та біологія

Секція: Загальна біологія

Область: Харківська

Опис:

Метою проєкту був біоінформатичний аналіз патогенності несинонімічних однонуклеотидних варіантів (SNVs) гена фактора некрозу пухлини TNF. В роботі використано анотовану послідовність протеїну людини TNF-α та 337 SNVs гена TNF. Предикторні сервіси fathmm, PANTHER, PhD-SNP, PolyPhen2, SIFT та SNPs&GO разом зазначили зміни функціональності протеїну в 9 SNVs гена TNF. Онлайн-інструменти I-Mutant2.0, MUpro та iStable разом визначили зниження стабільності протеїну в 205 SNVs гена. Співставлення цих даних виявило 8 патогенних SNVs – P127R, G130V, L131P, L131Q, G142C, G142S, L170R та C177Y. Вивчення внутрішньомолекулярної динаміки протеїну TNFза допомогою web-сервера MEDUSA показало, що амінокислоти в 5 з 6 попередньо визначених положень надають жорсткості його молекулі. Використання алгоритму SOPMA виявило перерозподіл ділянок вторинної структури протеїну TNF на користь неструктурованих петель або α-спіралей у випадку вказаних міссенс-мутацій. Усі встановлені патогенні заміни відбувалися у положеннях висококонсервативних структурно або функціонально важливих амінокислот. Пропонується проводити прицільне сиквенування гена TNF у хворих на різні види раку, аутоімунні захворювання, діабет задля визначення асоціацій з встановленими SNVs гена.

- -